Прошивка начинается сразу после подключения телефона. Возможно у Вас драйвера установились криво. Откройте диспетчер устройств, подключите телефон с зажатой клавишей, после того как появится ком порт двойным щелчком откройте его свойства, на закладке драйвер выберите Обновить и укажите вручную драйвер. Иногда может установиться драйвер SCI Android USB2Serial. Тогда программа телефон не видит. Должно быть SCI USB2Serial.